Pulau Sumba yang terletak di bagian selatan Provinsi Nusa Tenggara Timur memiliki sejarah panjang dalam perkembangan kehidupan beragama, termasuk agama Islam. Masuknya Islam ke Pulau Sumba tidak terlepas dari jalur perdagangan antarpulau yang menghubungkan wilayah Nusantara bagian timur dengan Sulawesi, Jawa, Lombok, Bima, dan Makassar.
Proses penyebaran Islam di Pulau Sumba berlangsung secara damai melalui aktivitas perdagangan, hubungan kekeluargaan, perkawinan, serta dakwah yang dilakukan oleh para pedagang dan ulama. Seiring bertambahnya jumlah masyarakat Muslim di wilayah Sumba Barat, kebutuhan akan lembaga yang menangani penyelesaian perkara berdasarkan hukum Islam semakin meningkat.
Sebagai bagian dari upaya Pemerintah Republik Indonesia dalam memperluas pelayanan peradilan agama kepada masyarakat Muslim di berbagai daerah, Menteri Agama Republik Indonesia menetapkan Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 195 Tahun 1968 tentang Penambahan Pembentukan Pengadilan Agama/Mahkamah Syar'iyah yang ditetapkan pada tanggal 28 Agustus 1968.
Keputusan tersebut merupakan tonggak sejarah lahirnya Pengadilan Agama Waikabubak. Dalam diktum Pertama angka IV (Nusatenggara) nomor 3, secara tegas disebutkan pembentukan:
"Kabupaten Sumba Barat di Waikabubak."
Ketentuan tersebut menunjukkan bahwa Pemerintah secara resmi membentuk Pengadilan Agama Kabupaten Sumba Barat yang berkedudukan di Waikabubak, sehingga Keputusan Menteri Agama Nomor 195 Tahun 1968 menjadi dasar hukum pembentukan Pengadilan Agama Waikabubak.
Selain di Waikabubak, keputusan tersebut juga membentuk Pengadilan Agama di beberapa daerah lain, yaitu Praja (Kabupaten Lombok Tengah), Selong (Kabupaten Lombok Timur), dan Kalabahi (Kabupaten Alor), sebagai bagian dari pengembangan jaringan Peradilan Agama di wilayah Nusa Tenggara.
Pembentukan Pengadilan Agama Waikabubak didasarkan pada pertimbangan pemerintah mengenai semakin meningkatnya kebutuhan pelayanan hukum bagi masyarakat Muslim, bertambahnya jumlah perkara yang harus diselesaikan, serta kondisi geografis dan transportasi yang pada saat itu masih terbatas.
Melalui pembentukan Pengadilan Agama di berbagai daerah, termasuk Waikabubak, masyarakat memperoleh akses yang lebih mudah terhadap pelayanan peradilan agama tanpa harus menempuh perjalanan yang jauh ke daerah lain.
Sesuai Keputusan Menteri Agama Nomor 195 Tahun 1968, daerah hukum Pengadilan Agama mengikuti batas wilayah administrasi pemerintahan daerah (Pamong Praja) setempat. Oleh karena itu, wilayah hukum Pengadilan Agama Waikabubak sejak awal meliputi wilayah Kabupaten Sumba Barat.
Walaupun dasar hukum pembentukannya telah ditetapkan pada tahun 1968, Pengadilan Agama Waikabubak baru mulai beroperasi secara definitif pada tahun 1976. Pada masa awal operasional tersebut dilakukan penataan organisasi, penyediaan sumber daya manusia, serta penyelenggaraan administrasi peradilan sehingga pelayanan kepada masyarakat dapat berjalan secara optimal.
Sebagai bentuk dukungan pemerintah terhadap penyelenggaraan peradilan agama, pada tahun 1978 dibangun gedung Pengadilan Agama Waikabubak. Pembangunan gedung tersebut menjadi tonggak penting dalam meningkatkan kualitas pelayanan kepada masyarakat serta memperkuat keberadaan Pengadilan Agama sebagai lembaga peradilan yang mandiri di wilayah Kabupaten Sumba Barat.
Perjalanan awal Pengadilan Agama Waikabubak tidak terlepas dari peran para perintis yang mengabdikan diri dalam membangun lembaga peradilan agama di wilayah Sumba Barat.
Dua tokoh yang tercatat sebagai pegawai awal adalah H. Djamaludin Ismail, B.A. dan H. Hadi Sujuti, B.A. Keduanya berperan penting dalam membangun sistem administrasi, tata kelola kelembagaan, serta pelayanan peradilan pada masa-masa awal berdirinya Pengadilan Agama Waikabubak.
H. Djamaludin Ismail, B.A. selanjutnya dipercaya menjadi Ketua Pengadilan Agama Waikabubak pertama yang menjabat pada periode 1976–1986. Di bawah kepemimpinannya, berbagai fondasi kelembagaan mulai dibangun sehingga Pengadilan Agama Waikabubak mampu menjalankan tugas dan fungsinya sebagai pelaksana kekuasaan kehakiman di lingkungan Peradilan Agama.
Seiring perkembangan peraturan perundang-undangan dan reformasi lembaga peradilan, Pengadilan Agama Waikabubak terus mengalami peningkatan baik dari aspek kelembagaan, sumber daya manusia, maupun kualitas pelayanan publik. Setelah berlakunya Undang-Undang Nomor 7 Tahun 1989 tentang Peradilan Agama, yang kemudian diubah dengan Undang-Undang Nomor 3 Tahun 2006 dan Undang-Undang Nomor 50 Tahun 2009, kewenangan Pengadilan Agama semakin diperluas, termasuk dalam penyelesaian perkara ekonomi syariah.
Saat ini Pengadilan Agama Waikabubak merupakan salah satu satuan kerja di bawah Mahkamah Agung Republik Indonesia yang memiliki wilayah hukum meliputi Kabupaten Sumba Barat, Kabupaten Sumba Barat Daya, dan Kabupaten Sumba Tengah, serta senantiasa berkomitmen memberikan pelayanan peradilan yang sederhana, cepat, dan berbiaya ringan sesuai dengan prinsip-prinsip peradilan modern.